Demi kejernihan sejarah dan kebenaran bukti-bukti tinggalan kerajaan Pajajaran yang tersimpan di Museum Geusan Ulun. Maka perlu penelitian dan kajian mendalam oleh para ahli yang berkompeten di bidangnya. Seperti arkeolog, sejarawan, seniman serta budayawan yang benar-benar ahli dan mengerti tentang Pajajaran. Dengan demikian maka Museum Pajajaran akan menjadi sebuah museum sejarah Bogor. Yang menjadi pusat penelitian kebudayaan tentang Bogor dan Kerajaan Pajajaran itu sendiri.
Dalam Peraturan Pemerintah RI nomor 66 tahun 2015 tentang museum menyebutkan bahwa : Museum adalah lembaga yang berfungsi melindungi, mengembangkan, memanfaatkan koleksi dan mengkomunikasikannya kepada masyarakat. Adapun koleksi yang tercantum itu adalah termasuk benda cagar budaya, bangunan cagar budaya, dan/atau material alam dan lingkungannya yang mempunyai nilai penting bagi sejarah, ilmu pengetahuan, pendidikan, agama, kebudayaan, teknologi dan/atau pariwisata.
Aspek lain yang perlu penelaahan lebih mendalam adalah pertimbangan menyangkut tata letak, lokasi kawasan, tema, bentuk bangunan dan pengelolaan atau aspek manajerial yang akan berpengaruh terhadap perkembangannya kemudian.
• Tata Letak dan Lokasi Kawasan
Kawasan pusaka Batutulis sebagai kawasan yang banyak memiliki tinggalan budaya dari masa Prasejarah, masa Klasik, masa Kolonial, masa Islam dan masa Kemerdekaan. Untuk menjaga kelestariannya perlu perhatian dari pemerintah agar tidak terjadi perusakkan. Dengan telah adanya penetapan Perda Tentang Cagar Budaya dan Tim Ahli Cagar Budaya. Maka Pemkot Bogor telah memiliki payung hukum untuk menjaga keutuhan artefak-artefak budayanya.
Dengan demikian pembangunan Museum Pajajaran akan mematuhi dan mengikuti semua petunjuk berdasarkan payung-payung hukum tersebut. Yang juga mendapat perhatian bangunan museum perlu menyelaraskan dengan kondisi alam dan lingkungan sekitar. Perlu pertimbangan yang matang, apakah bangunan museum akan berdampak kepada keutuhan topografi, keasrian alam dan lahannya. Mengingat di kawasan Batutulis pernah terjadi longsor, sekitar kawasan Mbah Dalem. Keberadaan Istana Batutulis yang dikenal Hing Puri Bima, sebagai bangunan cagar budaya seyogianya tidak terganggu oleh kemunculan bangunan baru tersebut.
